Das Zuiderzeemuseum stellt Kunst, Kultur und Erbgut im Zusammenhang mit dem ehemaligen Zuiderzeegebiet wie auch dem heutigen und zukünftigen Ijsselmeergebiet aus. Gemeinschaften, Handwerkskünste und Wasser stehen im Mittelpunkt der Ausstellungen im Außenbereich des Museums und Wechselausstellungen in den Innenräumen.
Das Zuiderzeemuseum besteht aus einem Außen- und einem Innenbereich. Im Außenbereich stehen authentische Gebäude aus dem ehemaligen Zuiderzeegebiet, wie eine Kirche, eine Schule, eine Fischräucherei und Wohnhäuser aus den umliegenden Fischerdörfern. Im Innenbereich sind Wechselausstellungen zu sehen.